この章の規定の適用がある場合における次の表の上欄に掲げる法律の規定の適用については、これらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
２ 前項に定めるもののほか、法人税、地方法人税及び防衛特別法人税に係る国税通則法の規定の適用については、次に定めるところによる。
一国税通則法第七十一条第一項第一号の規定の適用については、法人税及び防衛特別法人税は、同一の税目に属する国税とみなす。
二法人税（各事業年度の所得に対する法人税に限る。以下この号、次項及び第五項において同じ。）又は防衛特別法人税に係る更正決定等（国税通則法第五十八条第一項第一号イに規定する更正決定等をいう。以下この条において同じ。）について不服申立てがされている場合において、当該法人税又は防衛特別法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である他の防衛特別法人税又は法人税についてされた更正決定等があるときは、同法第九十条第一項若しくは第二項、第百四条第二項又は第百十五条第一項第二号の規定の適用については、当該他の防衛特別法人税又は法人税についてされた更正決定等は、当該法人税又は防衛特別法人税の同法第十九条第一項に規定する課税標準等又は税額等についてされた他の更正決定等とみなす。 地方法人税（地方法人税法第六条第一項第一号又は第二号に定める基準法人税額に対する地方法人税に限る。以下この号、次項及び第五項において同じ。）又は防衛特別法人税に係る更正決定等について不服申立てがされている場合における当該地方法人税又は防衛特別法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である他の防衛特別法人税又は地方法人税についてされた更正決定等についても、同様とする。
３ 国税通則法第七十条第三項（租税特別措置法第六十六条の四第二十七項（同法第五十九条の三第十四項、第六十六条の四の三第十四項及び第六十七条の十八第十三項において準用する場合を含む。以下この項及び第五項において同じ。）の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により法人税について更正の請求（国税通則法第二十三条第一項の規定による更正の請求をいう。以下この項及び第五項において同じ。）に係る更正が行われた場合には、当該法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である防衛特別法人税についての更正又は当該更正に伴って行われることとなる加算税（同法第六十九条に規定する加算税をいう。以下この条において同じ。）についてする賦課決定（同法第三十二条第一項又は第二項の規定による決定をいう。以下この条において同じ。）は、同法第七十条第一項及び第二項の規定並びに第八項（第十三項から第十五項までにおいて準用する場合を含む。以下この項及び第五項において同じ。）の規定にかかわらず、当該更正の請求があった日から六月を経過する日まで、することができる。
同条第三項（第八項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により防衛特別法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合における当該防衛特別法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である法人税についての更正又は賦課決定、同条第三項（租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により地方法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合における当該地方法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である防衛特別法人税についての更正又は賦課決定並びに国税通則法第七十条第三項（第八項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により防衛特別法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合における当該防衛特別法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である地方法人税についての更正又は賦課決定についても、同様とする。
４ 前項の場合において、国税通則法第七十条第五項、第七十一条及び第七十二条の規定の適用については、同項中「又は前二項」とあるのは「若しくは前二項又は我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「特別措置法」という。）第四十三条第三項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）」と、同項第二号中「又は第三項」とあるのは「若しくは第三項又は特別措置法第四十三条第三項」と、同法第七十一条第一項中「日が前条」とあるのは「日が前条又は特別措置法第四十三条第三項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）」と、「同条」とあるのは「前条及び同項」と、同項第四号ロ中「前条」とあるのは「前条又は特別措置法第四十三条第三項」と、同法第七十二条第一項中「あつた日」とあるのは「あつた日とし、特別措置法第四十三条第三項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）の規定による更正又は賦課決定により納付すべきものについては、同項に規定する更正があつた日」とする。
５ 国税通則法第七十一条第一項（第三号に係る部分に限るものとし、租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合において、同号に定める期間の満了する日が国税通則法第七十条の規定又は第三項若しくは第八項の規定により当該法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である防衛特別法人税についての更正決定等をすることができる期間の満了する日後に到来するときは、当該防衛特別法人税についての更正又は当該更正に伴って行われることとなる加算税についてする賦課決定は、同条の規定並びに第三項及び第八項の規定にかかわらず、当該更正の請求があった日から六月間においても、することができる。
同法第七十一条第一項（同号に係る部分に限るものとし、第八項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により防衛特別法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合において同号に定める期間の満了する日が同法第七十条の規定、地方法人税法第二十六条第一項（租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定、租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定又は第三項の規定により当該防衛特別法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である法人税についての更正決定等をすることができる期間の満了する日後に到来するときにおける当該法人税についての更正又は賦課決定、国税通則法第七十一条第一項（同号に係る部分に限るものとし、租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により地方法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合において同号に定める期間の満了する日が国税通則法第七十条の規定又は第三項若しくは第八項の規定により当該地方法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である防衛特別法人税についての更正決定等をすることができる期間の満了する日後に到来するときにおける当該防衛特別法人税についての更正又は賦課決定並びに同法第七十一条第一項（同号に係る部分に限るものとし、第八項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定により防衛特別法人税について更正の請求に係る更正が行われた場合において同号に定める期間の満了する日が同法第七十条の規定、地方法人税法第二十六条第一項（租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定、租税特別措置法第六十六条の四第二十七項の規定又は第三項の規定により当該防衛特別法人税と納税義務者及び課税事業年度が同一である地方法人税についての更正決定等をすることができる期間の満了する日後に到来するときにおける当該地方法人税についての更正又は賦課決定についても、同様とする。
６ 前項の場合において、国税通則法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「あつた日」とあるのは、「あつた日とし、我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第五項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）の規定による更正又は賦課決定により納付すべきものについては、同項に規定する更正があつた日」とする。
７ 法人の各課税事業年度の所得に対する法人税につき租税特別措置法第六十六条の四第二十六項の規定の適用がある場合には、当該各課税事業年度の防衛特別法人税（同項の規定の適用に係る部分に限る。）に係る国税通則法第二十三条第一項（第二号を除く。）の規定の適用については、同項中「五年」とあるのは、「七年」とする。
８ 更正決定等で次の各号に掲げるものは、国税通則法第七十条第一項の規定にかかわらず、当該各号に定める期限又は日から七年を経過する日まで、することができる。
この場合において、同条第三項及び第四項並びに同法第七十一条第一項の規定の適用については、同法第七十条第三項中「の規定により」とあるのは「及び我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「特別措置法」という。）第四十三条第八項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）の規定により」と、「、前二項」とあるのは「、前二項及び同条第八項」と、同条第四項中「第一項」とあるのは「第一項及び特別措置法第四十三条第八項」と、同法第七十一条第一項中「日が前条」とあるのは「日が前条及び特別措置法第四十三条第八項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）」と、「同条」とあるのは「前条及び同項」と、同項第四号ロ中「前条」とあるのは「前条及び特別措置法第四十三条第八項」とする。
一次に掲げる更正決定（更正又は決定（国税通則法第二十五条の規定による決定をいう。第十六項、第十八項及び第二十三項において同じ。）をいう。以下この項において同じ。）に伴い同法第十九条第一項に規定する課税標準等（以下この項及び第十六項において「課税標準等」という。）又は同条第一項に規定する税額等（以下この項及び第十六項において「税額等」という。）に異動を生ずべき防衛特別法人税に係る更正決定 当該更正決定に係る防衛特別法人税の同法第二条第七号に規定する法定申告期限（イ又はロの法人税に係る更正が同法第六十一条第一項第二号に規定する還付請求申告書に係る更正である場合には、当該還付請求申告書を提出した日）
イ法人が当該法人に係る租税特別措置法第六十六条の四第一項に規定する国外関連者との取引を同項に規定する独立企業間価格と異なる対価の額で行った事実に基づいてする法人税に係る更正決定
ロイに掲げる更正決定に伴い課税標準等又は税額等に異動を生ずべき法人税に係る更正決定
二前号イ若しくはロに掲げる更正決定又は同号イに規定する事実に基づいてする法人税に係る国税通則法第二条第六号に規定する納税申告書（同法第十七条第二項に規定する期限内申告書を除く。以下この号において「納税申告書」という。）の提出若しくは前号ロに規定する異動を生ずべき法人税に係る納税申告書の提出に伴い課税標準等又は税額等に異動を生ずべき防衛特別法人税に係る更正決定又は納税申告書の提出に伴いその防衛特別法人税に係る加算税についてする賦課決定 その納税義務の成立の日
９ 租税特別措置法第六十六条の四第二十八項及び第二十九項の規定は、防衛特別法人税に係る国税通則法第七十二条第一項に規定する国税の徴収権の時効について準用する。
１０ 第八項の規定により読み替えて適用される国税通則法第七十条第三項の規定による更正若しくは賦課決定又は同条第四項の規定による賦課決定により納付すべき防衛特別法人税に係る同法第七十二条第一項の規定の適用については、同項中「（第七十条第三項」とあるのは「（特別措置法第四十三条第八項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」と、「、第七十条第三項」とあるのは「、特別措置法第四十三条第八項の規定により読み替えて適用される第七十条第三項」と、「第七十条第四項」とあるのは「特別措置法第四十三条第八項の規定により読み替えて適用される第七十条第四項」とする。
１１ 租税特別措置法第六十六条の四第三十一項の規定は、防衛特別法人税に係る延滞税について準用する。
１２ 租税特別措置法第六十六条の四の二の規定は、第八項第一号に掲げる更正決定により納付すべき防衛特別法人税の額及び当該防衛特別法人税の額に係る加算税の額について準用する。
この場合において、同条第四項中「納税の猶予）」とあるのは「納税の猶予）（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第十二項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）」と、同条第六項中「の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第五十二条第一項」とあるのは「（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第十二項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同法第五十二条第一項」と、「の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同条第十号」とあるのは「（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法（令和五年法律第六十九号。以下「特別措置法」という。）第四十三条第十二項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）の規定による納税の猶予を含む。）又は」と、同条第十号」と、「」とする」とあるのは「（特別措置法第四十三条第十二項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。）」とする」と読み替えるものとする。
１３ 第七項から第十項までの規定は、法人が当該法人に係る租税特別措置法第五十九条の三第二項第一号に規定する関連者との間で行った同項第五号イに規定する特許権譲受等取引につき、同条第四項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
１４ 第七項から第十二項までの規定は、恒久的施設を有する外国法人の租税特別措置法第六十六条の四の三第一項に規定する内部取引につき、同項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
１５ 第七項から第十二項までの規定は、租税特別措置法第六十七条の十八第一項に規定する国外事業所等を有する内国法人の同項に規定する内部取引につき、同項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
１６ 外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律（昭和三十七年法律第百四十四号。以下この条において「外国居住者等所得相互免除法」という。）第三十二条第一項の規定は、同項に規定する所得税等の非課税等に関する規定若しくは同項に規定する租税特別措置法の規定の適用により、又は外国居住者等所得相互免除法第十五条第三十項の規定が適用されないことにより、防衛特別法人税確定申告書を提出し、又は決定を受けた法人の当該防衛特別法人税確定申告書又は決定に係る基準法人税額の計算の基礎となる課税標準等又は税額等に関し、その内容が異なることとなった場合について準用する。
１７ 外国居住者等所得相互免除法第三十二条第二項及び第三項の規定は、同条第一項の国税庁長官の確認があったことにより、内国法人の各課税事業年度の防衛特別法人税の額又は外国法人である外国居住者等（外国居住者等所得相互免除法第二条第三号に規定する外国居住者等をいう。次項において同じ。）の各課税事業年度の防衛特別法人税の額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
１８ 外国居住者等所得相互免除法第三十二条第五項の規定は、内国法人又は外国法人である外国居住者等が第三十四条各号に掲げる金額につき外国居住者等所得相互免除法第三十二条第二項又は第三項（これらの規定を前項において準用する場合を含む。）において準用する租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律（昭和四十四年法律第四十六号。以下この条において「租税条約等実施特例法」という。）第七条第一項又は第二項の更正を受けた場合において、その更正に伴い、その更正に係る事業年度後の各課税事業年度の防衛特別法人税確定申告書に記載した、若しくは決定を受けた課税事業年度に係る第二十五条第一項第二号若しくは第四号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過大となるとき、又はその更正に係る事業年度後の各課税事業年度の防衛特別法人税確定申告書に記載した、若しくは決定を受けた課税事業年度に係る同項第五号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過少となるときのその更正を受けた内国法人又は外国法人である外国居住者等について準用する。
この場合において、外国居住者等所得相互免除法第三十二条第五項中「第七条第四項」とあるのは「第七条第四項（同項の表法人税法第八十一条の項及び法人税法第百四十五条の項に係る部分に限る。）」と、「同条第四項の表所得税法第百五十三条の項及び法人税法第八十一条の項」とあるのは「同表法人税法第八十一条の項」と、「第三項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）」とあるのは「第三項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）（これらの規定を我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「特別措置法」という。）第四十三条第十七項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。）」と、「において準用する租税条約等実施特例法」とあるのは「（特別措置法第四十三条第十七項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。）において準用する租税条約等実施特例法」と読み替えるものとする。
１９ 外国居住者等所得相互免除法第三十二条第六項の規定は、第十七項において準用する同条第二項において準用する租税条約等実施特例法第七条第一項の規定又は第十七項において準用する外国居住者等所得相互免除法第三十二条第三項において準用する租税条約等実施特例法第七条第二項の規定による更正に係る還付金又は過納金について準用する。
２０ 外国居住者等所得相互免除法第三十五条（外国居住者等所得相互免除法第三十七条第一項において準用する場合を含む。）の規定は、防衛特別法人税に係る延滞税について準用する。
２１ 外国居住者等所得相互免除法第三十六条（同条第一項の規定を外国居住者等所得相互免除法第三十七条第一項において準用する場合を含む。）及び第三十七条第二項の規定は、第八項第一号に掲げる更正決定により納付すべき防衛特別法人税の額及び当該防衛特別法人税の額に係る加算税の額について準用する。
この場合において、外国居住者等所得相互免除法第三十六条第二項の表第二項の項中「第三十六条第一項」とあるのは「第三十六条第一項（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「特別措置法」という。）第四十三条第二十一項において準用する場合を含む。以下同じ。）」と、同表第四項の項中「特例）」とあるのは「特例）（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第二十一項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）」と、同表第五項第二号の項中「第三十二条第一項」とあるのは「第三十二条第一項（特別措置法第四十三条第十六項において準用する場合を含む。）」と、同表第六項の項中「）第三十六条第一項（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合の納税の猶予の特例）」とあるのは「）第三十六条第一項（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合の納税の猶予の特例）（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第二十一項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）」と、「第三十六条第二項」とあるのは「第三十六条第二項（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第二十一項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。）」と、外国居住者等所得相互免除法第三十七条第二項の表第二項の項中「第三十六条第一項」とあるのは「第三十六条第一項（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「特別措置法」という。）第四十三条第二十一項において準用する場合を含む。以下同じ。）」と、同表第四項の項中「特例）」とあるのは「特例）（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第二十一項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。以下同じ。）」と、同表第五項第二号の項中「第三十二条第一項」とあるのは「第三十二条第一項（特別措置法第四十三条第十六項において準用する場合を含む。）」と、同表第六項の項中「特例）」とあるのは「特例）（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第二十一項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。）」と、「第三十六条第一項の」とあるのは「第三十六条第一項（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第二十一項において準用する場合を含む。）の」と、「第三十六条第一項」」とあるのは「第三十六条第一項（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第二十一項において準用する場合を含む。）」」と、「第三十七条第二項」とあるのは「第三十七条第二項（我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法第四十三条第二十一項において準用する場合を含む。）」と読み替えるものとする。
２２ 租税条約等実施特例法第七条第一項又は第二項の規定は、これらの規定に規定する合意が行われたことにより、内国法人の各課税事業年度の防衛特別法人税の額又は相手国居住者等（租税条約等実施特例法第二条第四号に規定する相手国居住者等をいう。次項において同じ。）の各課税事業年度の防衛特別法人税の額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
２３ 租税条約等実施特例法第七条第四項（同項の表法人税法第八十一条の項及び法人税法第百四十五条の項に係る部分に限る。）の規定は、内国法人又は相手国居住者等が第三十四条各号に掲げる金額につき租税条約等実施特例法第七条第一項又は第二項（これらの規定を前項において準用する場合を含む。）の更正を受けた場合において、その更正に伴い、その更正に係る事業年度後の各課税事業年度の防衛特別法人税確定申告書に記載した、若しくは決定を受けた課税事業年度に係る第二十五条第一項第二号若しくは第四号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過大となるとき、又はその更正に係る事業年度後の各課税事業年度の防衛特別法人税確定申告書に記載した、若しくは決定を受けた課税事業年度に係る同項第五号に掲げる金額（当該金額につき修正申告書の提出又は更正があった場合には、その申告又は更正後の金額）が過少となるときのその更正を受けた内国法人又は相手国居住者等について準用する。
この場合において、同表法人税法第八十一条の項中「更正の特例）」とあるのは「更正の特例）（これらの規定を我が国の防衛力の抜本的な強化等のために必要な財源の確保に関する特別措置法（以下「特別措置法」という。）第四十三条第二十二項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。）」と、同表法人税法第百四十五条の項中「更正の特例）」とあるのは「更正の特例）（特別措置法第四十三条第二十二項（防衛特別法人税に係る法人税法の適用の特例等）において準用する場合を含む。）」と読み替えるものとする。
２４ 租税条約等実施特例法第七条第五項の規定は、第二十二項において準用する同条第一項又は第二項の規定による更正に係る還付金又は過納金について準用する。
２５ 前各項に定めるもののほか、防衛特別法人税に係る法人税に関する法令の規定の技術的読替え、租税特別措置法第四十二条の四第八項第六号ロ若しくは第七号（これらの規定を同条第十八項において準用する場合を含む。）、第四十二条の十四第一項（東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成二十三年法律第二十九号）第十七条の四の二第一項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）若しくは第四項、第六十二条第一項、第六十二条の三第一項若しくは第九項又は第六十三条第一項の規定の適用がある場合における前節の規定の適用に関する事項その他この章の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。
