第七条
（国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律に関する経過措置）
法附則第二十条の規定により会議を国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律（昭和二十二年法律第百九十四号）に規定する国又は行政庁とみなして同法の規定を適用する場合には、同法第二条第一項中「前条の訴訟」とあるのは「日本学術会議を当事者又は参加人とする訴訟」と、同条第二項中「行政庁（国に所属するものに限る。第五条、第六条及び第八条において同じ。）の所管し、又は監督する事務に係る前条の訴訟」とあるのは「前項の訴訟」と、「当該行政庁」とあるのは「日本学術会議」と、同法第五条第一項中「行政庁は」とあるのは「日本学術会議は」と、「当該行政庁」とあるのは「日本学術会議」と、同条第三項及び同法第六条中「行政庁」とあるのは「日本学術会議」と、同法第八条中「第二条、第五条第一項、第六条第二項、第六条の二第四項若しくは第五項、第六条の三第四項若しくは第五項又は前条第三項」とあるのは「第二条第一項若しくは第二項、第五条第一項又は第六条第二項」と、「行政庁」とあるのは「日本学術会議」とする。
第九条
（現行日本学術会議の行政文書に係る独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律の適用に関する経過措置）
会議の成立前に行政機関の保有する情報の公開に関する法律（平成十一年法律第四十二号）の規定（同法第二条第二項に規定する行政文書の開示に係る部分に限る。）に基づき、現行日本学術会議の所掌事務に係る同項に規定する行政文書に関して、内閣総理大臣（同法第十七条の規定により委任を受けた職員を含む。以下この条において同じ。）がした行為及び内閣総理大臣に対してされた行為は、会議の成立後は、独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律（平成十三年法律第百四十号）の規定（同法第二条第二項に規定する法人文書の開示に係る部分に限る。）に基づき会議がした行為及び会議に対してされた行為とみなす。
第十条
（現行日本学術会議の保有個人情報に係る個人情報の保護に関する法律の適用に関する経過措置）
会議の成立前に個人情報の保護に関する法律（平成十五年法律第五十七号）の規定（同法第六十条第一項に規定する保有個人情報の開示、訂正及び利用停止に係る部分に限る。以下この条において同じ。）に基づき、現行日本学術会議の所掌事務に係る同項に規定する保有個人情報に関して、内閣総理大臣（同法第百二十六条の規定により委任を受けた職員を含む。以下この条において同じ。）がした行為及び内閣総理大臣に対してされた行為は、会議の成立後は、同法の規定に基づき会議がした行為及び会議に対してされた行為とみなす。