次に掲げる政令は、廃止する。
一
漁業法第五十二条第一項の指定漁業を定める政令（昭和三十八年政令第六号）
二
海洋生物資源の保存及び管理に関する法律施行令（平成八年政令第二百十三号）
漁業法等の一部を改正する等の法律の施行に伴う関係政令の整備及び経過措置に関する政令
第一章 関係政令の整備
第五条
（漁業法第五十二条第一項の指定漁業を定める政令及び海洋生物資源の保存及び管理に関する法律施行令の廃止）
第二章 経過措置
第五十四条
（改正法附則第二十三条第一項の政令で定める日）
漁業法等の一部を改正する等の法律（以下「改正法」という。）附則第二十三条第一項の政令で定める日は、令和六年四月一日とする。
第五十五条
（大臣許可漁業及び知事許可漁業に関する準備行為）
改正法第一条の規定による改正後の漁業法（昭和二十四年法律第二百六十七号。以下「新漁業法」という。）第四十二条第一項（新漁業法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定による公示及び新漁業法第四十二条第三項（新漁業法第五十八条において準用する場合を含む。）の規定による意見の聴取は、改正法の施行の日（以下「改正法施行日」という。）の前においても行うことができる。
第五十六条
（漁業権に関する経過措置）
改正法附則第十条の規定によりなお従前の例により免許を受ける者は、新漁業法第六十九条第二項の適用については、同条第一項の免許を受けた者とみなす。
２ 前項の規定の適用を受けた者が新漁業法第六十九条第二項の規定により取得する漁業権の存続期間は、改正法附則第十条の規定によりなお従前の例により受ける免許に係る漁業権の存続期間とする。
第五十七条
（所得税法等の適用に関する経過措置）
改正法の施行の際現に改正法第一条の規定による改正前の漁業法第十条の免許（以下この条及び次条において「旧免許」という。）を受けている個人が改正法附則第九条第一項の規定により当該個人が受けたものとみなされる新漁業法第六十九条第一項の免許に係る漁業権（以下この条において「新漁業権」という。）を取得した場合における当該新漁業権に係る所得税法（昭和四十年法律第三十三号）その他の所得税に関する法令の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
当該個人の改正法施行日の属する年分の所得税法第二十七条第二項に規定する事業所得の金額の計算上、新漁業権の取得について総収入金額に算入すべき金額は、改正法施行日に当該新漁業権に係る旧漁業権（旧免許に係る漁業権をいう。以下この条及び次条において同じ。）の譲渡があったものとした場合に同法第三十八条の規定により当該旧漁業権の取得費の額として計算される金額に相当する金額とする。
二
当該個人の所得税法施行令第百二十条第一項に規定する償却費の額の計算については、次に定めるところによる。
イ
新漁業権に係る旧漁業権の取得価額（所得税法施行令第百二十六条の規定による取得価額をいう。以下このイにおいて同じ。）をもって当該新漁業権の取得価額とみなす。
ロ
当該個人が新漁業権に係る旧漁業権を業務の用に供していた場合には、その用に供した日をもって当該個人が当該新漁業権を業務の用に供した日とみなす。
三
当該個人の新漁業権の譲渡による所得が所得税法第三十三条第三項各号に掲げる所得のいずれに該当するかの判定については、当該個人が当該新漁業権を当該新漁業権に係る旧漁業権を取得した時から引き続き所有していたものとみなす。
第五十八条
（法人税法等の適用に関する経過措置）
改正法の施行の際現に旧免許を受けている法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この条において同じ。）が改正法附則第九条第一項の規定により当該法人が受けたものとみなされる新漁業法第六十九条第一項の免許に係る漁業権（以下この条において「新漁業権」という。）を取得した場合における当該新漁業権に係る法人税法その他の法人税に関する法令の規定の適用については、次に定めるところによる。
一
当該法人が新漁業権をその取得の直前における当該新漁業権に係る旧漁業権の帳簿価額に相当する金額により取得したものとする。
二
当該法人の法人税法施行令第四十八条第一項に規定する償却限度額の計算については、次に定めるところによる。
イ
新漁業権に係る旧漁業権の取得価額（法人税法施行令第五十四条第一項の規定による取得価額をいう。以下このイにおいて同じ。）をもって当該新漁業権の取得価額とみなす。
ロ
当該法人が新漁業権に係る旧漁業権を事業の用に供していた場合には、その用に供した日をもって当該法人が当該新漁業権を事業の用に供した日とみなす。
第五十九条
（合併に際して従たる事務所を設けた場合における従たる事務所の所在地における登記に関する経過措置）
改正法施行日前に締結された合併契約に係る合併により設立する漁業協同組合、漁業生産組合、漁業協同組合連合会、水産加工業協同組合、水産加工業協同組合連合会又は共済水産業協同組合連合会が合併に際して従たる事務所を設けた場合における従たる事務所の所在地における登記の期間については、改正法第三条の規定による改正後の水産業協同組合法（昭和二十三年法律第二百四十二号）第九条第一項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
第六十条
（内水面漁業の振興に関する法律の一部改正に伴う経過措置）
改正法第五条の規定による改正後の内水面漁業の振興に関する法律（平成二十六年法律第百三号。以下この条において「新内水面法」という。）第二十六条第一項の許可の手続は、改正法施行日前においても、新内水面法第三十条において準用する新漁業法第三章第一節（第三十六条から第三十九条まで、第四十三条、第四十五条第一号及び第四十七条から第五十五条までを除く。）の規定の例により行うことができる。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、改正法施行日（令和二年十二月一日）から施行する。
ただし、第五十五条及び第六十条の規定は、公布の日から施行する。
ただし、第五十五条及び第六十条の規定は、公布の日から施行する。
第二条
（海洋生物資源の保存及び管理に関する法律施行令の廃止に伴う経過措置）
第五条の規定による廃止前の海洋生物資源の保存及び管理に関する法律施行令第一条から第三条まで及び附則第二条の規定は、改正法附則第二十八条の規定により改正法第六条の規定による廃止前の海洋生物資源の保存及び管理に関する法律（平成八年法律第七十七号。附則第四条において「旧海洋生物資源法」という。）の規定がなおその効力を有することとされる間、なお効力を有するものとする。
第五条
（罰則に関する経過措置）
この政令の施行前にした行為及び附則第二条の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの政令の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。