国立研究開発法人日本医療研究開発機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令

国立研究開発法人日本医療研究開発機構（以下「機構」という。）に係る独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第八条第三項に規定する主務省令で定める重要な財産は、その保有する財産であって、その通則法第四十六条の二第一項又は第二項の認可に係る申請の日（各項ただし書の場合にあっては、当該財産の処分に関する計画を定めた通則法第三十五条の五第一項の中長期計画の認可に係る申請の日）における帳簿価額（現金及び預金にあっては、申請の日におけるその額）が五十万円以上のもの（その性質上通則法第四十六条の二の規定により処分することが不適当なものを除く。）その他内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定める財産とする。

機構に係る通則法第十九条第四項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。

監事は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。

この場合において、役員（監事を除く。第一号並びに第五項第三号及び第四号において同じ。）は、監事の職務の執行のための必要な体制の整備に留意しなければならない。

前項の規定は、監事が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。

監事は、その職務の遂行に当たり、必要に応じ、機構の他の監事との意思疎通及び情報の交換を図るよう努めなければならない。

監査報告には、次に掲げる事項を記載しなければならない。

機構に係る通則法第十九条第六項第二号の主務省令で定める書類は、国立研究開発法人日本医療研究開発機構法（平成二十六年法律第四十九号。以下「機構法」という。）及びこの命令の規定に基づき内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出する書類とする。

機構に係る通則法第二十八条第二項の主務省令で定める事項は、次のとおりとする。

機構は、通則法第三十五条の五第一項の規定により中長期計画の認可を受けようとするときは、中長期計画を記載した申請書を、当該中長期計画の最初の事業年度開始の日の三十日前までに（機構の最初の事業年度の属する中長期計画については、機構の成立後遅滞なく）、内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。

機構は、通則法第三十五条の五第一項後段の規定により中長期計画の変更の認可を受けようとするときは、変更しようとする事項及びその理由を記載した申請書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。

機構に係る通則法第三十五条の五第二項第八号に規定する主務省令で定める業務運営に関する事項は、次のとおりとする。

機構に係る通則法第三十五条の六第三項の報告書には、当該報告書が次の表の上欄に掲げる報告書のいずれに該当するかに応じ、同表の下欄に掲げる事項を記載しなければならない。

その際、機構は、当該報告書が同条第一項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して同欄に掲げる事項を記載するものとする。

機構は、前項に規定する報告書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。

機構に係る通則法第三十五条の六第四項の報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。

その際、機構は、当該報告書が同条第二項の評価の根拠となる情報を提供するために作成されるものであることに留意しつつ、機構の事務及び事業の性質、内容等に応じて区分して次に掲げる事項を記載するものとする。

機構は、前項に規定する報告書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出したときは、速やかに、当該報告書をインターネットの利用その他の適切な方法により公表するものとする。

機構に係る通則法第三十五条の八の規定により読み替えて準用する通則法第三十一条第一項の年度計画には、中長期計画に定めた事項に関し、当該事業年度において実施すべき事項を記載しなければならない。

機構は、通則法第三十五条の八の規定により読み替えて準用する通則法第三十一条第一項後段の規定により年度計画の変更をしたときは、変更した事項及びその理由を記載した届出書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。

機構の会計については、この命令の定めるところにより、この命令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。

金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。

平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（第十四条並びに第十七条第三項第二号イ及びロにおいて「独立行政法人会計基準」という。）は、この命令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。

内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣は、機構が業務のため取得しようとしている償却資産についてその減価に対応すべき収益の獲得が予定されないと認められる場合には、その取得までの間に限り、当該償却資産を指定することができる。

前項の指定を受けた資産の減価償却については、減価償却費は計上せず、資産の減価額と同額を資本剰余金に対する控除として計上するものとする。

内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣は、機構が業務のため保有し又は取得しようとしている有形固定資産に係る資産除去債務に対応する除去費用に係る費用配分額及び時の経過による資産除去債務の調整額（以下この条において「除去費用等」という。）についてその除去費用等に対応すべき収益の獲得が予定されていないと認められる場合には、当該除去費用等を指定することができる。

内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣は、機構が通則法第四十六条の二第二項の規定に基づいて行う不要財産の譲渡取引についてその譲渡差額を損益計算上の損益に計上しないことが必要と認められる場合には、当該譲渡取引を指定することができる。

機構に係る通則法第三十八条第一項に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人会計基準に定める行政コスト計算書、純資産変動計算書及びキャッシュ・フロー計算書とする。

機構に係る通則法第三十八条第二項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。

事業報告書には、次に掲げる事項を記載しなければならない。

機構に係る通則法第三十八条第三項に規定する主務省令で定める期間は、五年とする。

通則法第三十九条第一項の規定により主務省令で定める事項については、この条の定めるところによる。

会計監査人は、その職務を適切に遂行するため、次に掲げる者との意思疎通を図り、情報の収集及び監査の環境の整備に努めなければならない。

ただし、会計監査人が公正不偏の態度及び独立の立場を保持することができなくなるおそれのある関係の創設及び維持を認めるものと解してはならない。

会計監査人は、通則法第三十八条第一項に規定する財務諸表並びに同条第二項に規定する事業報告書及び決算報告書を受領したときは、次に掲げる事項を内容とする会計監査報告を作成しなければならない。

前項第五号に掲げる「追記情報」とは、次に掲げる事項その他の事項のうち、会計監査人の判断に関して説明を付す必要がある事項又は財務諸表の内容のうち強調する必要がある事項とする。

機構は、通則法第四十五条第一項ただし書の規定により短期借入金の認可を受けようとするとき、又は同条第二項ただし書の規定により短期借入金の借換えの認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。

機構に係る通則法第四十八条の主務省令で定める重要な財産は、内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が指定する財産とする。

機構は、通則法第四十八条の規定により重要な財産を譲渡し、又は担保に供すること（以下この条において「処分等」という。）について認可を受けようとするときは、次に掲げる事項を記載した申請書を内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣に提出しなければならない。

機構法第十七条の二第三項の規定により特別の勘定を設けて経理する場合において、経理すべき事項が当該特別の勘定以外の勘定において経理すべき事項と共通の事項であるため、当該特別の勘定に係る部分を区分して経理することが困難なときは、当該事項については、内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣の承認を受けて定める基準に従って、各勘定に配分することにより経理することができる。

機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた機構の内部組織として主務省令で定めるものは、現に存する理事長の直近下位の内部組織として内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定めるもの（次項において「現内部組織」という。）であって再就職者（離職後二年を経過した者を除く。次項において同じ。）が離職前五年間に在職していたものとする。

直近七年間に存し、又は存していた理事長の直近下位の内部組織（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）として内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定めるものであって再就職者が離職前五年間に在職していたものが行っていた業務を現内部組織（当該内部組織が現内部組織である場合にあっては他の現内部組織）が行っている場合における前項の規定の適用については、当該再就職者が離職前五年間に当該現内部組織に在職していたものとみなす。

機構に係る通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六第二号に規定する管理又は監督の地位として主務省令で定めるものは、職員の退職管理に関する政令（平成二十年政令第三百八十九号）第二十七条第六号に規定する職員が就いている官職に相当するものとして内閣総理大臣、文部科学大臣、厚生労働大臣及び経済産業大臣が定めるものとする。

機構に係る独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令第二十一条第三項の規定により読み替えて準用する同条第二項に規定する内閣府令・文部科学省令・厚生労働省令・経済産業省令で定める書類は、次の書類とする。