機構は、東日本大震災事業者再生支援勘定（法第五十四条第二項の規定により読み替えて準用する法第四十八条に規定する東日本大震災事業者再生支援勘定をいう。以下同じ。）において整理すべき事項がその他の勘定において整理すべき事項と共通の事項であるため、東日本大震災事業者再生支援勘定に係る部分を区分して整理することが困難なときは、当該事項については、機構が農林水産大臣、財務大臣及び金融庁長官の承認を受けて定める基準に従って、事業年度の期間中一括して整理し、当該事業年度の末日（東日本大震災事業者再生支援勘定の廃止の日の属する事業年度にあっては、その廃止の日）現在において各勘定に配分することにより整理することができる。
２ 機構が法第五十四条第一項各号に掲げる業務を行う場合には、農水産業協同組合貯金保険法施行規則第三条中「及び危機対応勘定（法第百五条第一項に規定する危機対応勘定をいう。以下同じ。）」とあるのは「、危機対応勘定（法第百五条第一項に規定する危機対応勘定をいう。以下同じ。）及び東日本大震災事業者再生支援勘定（株式会社東日本大震災事業者再生支援機構法（平成二十三年法律第百十三号）第五十四条第二項の規定により読み替えて準用する同法第四十八条に規定する東日本大震災事業者再生支援勘定をいう。以下同じ。）」と、同令第六条中「及び危機対応勘定」とあるのは「、危機対応勘定及び東日本大震災事業者再生支援勘定」とする。
