第三条
（研究所の成立の時において承継される国の権利及び義務）
法附則第八条第一項の政令で定める権利及び義務は、次に掲げる権利及び義務とする。
一国立医薬品食品衛生研究所及び国立感染症研究所の所属に属する土地、建物及び工作物（その土地に定着する物及びその建物に附属する工作物を含む。次条第一号において「土地等」という。）のうち厚生労働大臣が財務大臣に協議して指定するものに関する権利及び義務
二研究所の成立の際現に国立医薬品食品衛生研究所及び国立感染症研究所に使用されている物品のうち厚生労働大臣が指定するものに関する権利及び義務
三研究所の業務に関し国が有する権利及び義務のうち前二号に掲げるもの以外のものであって、厚生労働大臣が指定するもの
第四条
（国の有する権利及び義務の承継の際出資があったものとされる財産）
法附則第八条第二項に規定する政令で定める財産は、次に掲げるものとする。
二前条第三号の規定により指定された権利に係る財産のうち厚生労働大臣が指定するもの
第八条
（承継勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の算定方法）
法附則第十二条第四項に規定する承継勘定（次条及び附則第十条において「承継勘定」という。）における法附則第十二条第五項の規定により読み替えて適用する通則法第四十四条第一項ただし書の政令で定めるところにより計算した額（附則第十条において「毎事業年度において国庫に納付すべき額」という。）は、通則法第四十四条第一項に規定する残余の額に百分の九十を乗じて得た額とする。
第九条
（承継勘定に係る積立金に関する処分に係る承認の手続及び国庫納付金の納付手続等）
承継勘定に係る積立金に関する処分に係る承認の手続並びに国庫納付金の納付手続、納付期限及び帰属する会計（次条及び附則第十二条において「納付手続等」という。）については、第二条から第五条までの規定を準用する。
この場合において、第二条第一項中「通則法第四十四条第一項」とあるのは「法附則第十二条第五項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項」と、「第十八条第一項」とあるのは「附則第十二条第六項において準用する法第十八条第一項」と、「第十五条に規定する業務」とあるのは「附則第十一条第五項に規定する承継業務」と、第三条第一項中「第十八条第三項」とあるのは「附則第十二条第六項において準用する法第十八条第三項」と、第五条中「一般会計」とあるのは「財政投融資特別会計の投資勘定」と読み替えるものとする。
第十条
（承継勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の納付の手続等）
承継勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の納付手続等については、前条において準用する第三条から第五条までの規定を準用する。
この場合において、前条において準用する第三条第一項及び第四条中「期間最後の事業年度」とあるのは、「事業年度」と読み替えるものとする。
第十二条
（特例業務勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の算定方法等）
法附則第十五条第一項に規定する特例業務勘定に係る毎事業年度において国庫に納付すべき額の算定方法、積立金に関する処分に係る承認の手続及び国庫納付金の納付手続等並びに毎事業年度において国庫に納付すべき額の納付手続等については、附則第八条から第十条までの規定を準用する。
この場合において、附則第八条中「附則第十二条第五項」とあるのは「附則第十四条第二項において準用する法附則第十二条第五項」と、附則第九条中「附則第十二条第五項」とあるのは「附則第十四条第二項において準用する法附則第十二条第五項」と、「附則第十二条第六項」とあるのは「附則第十四条第二項において準用する法附則第十二条第六項」と、「附則第十一条第五項に規定する承継業務」とあるのは「附則第十四条第一項に規定する特例業務」と読み替えるものとする。
第十四条
（核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律の適用に関する経過措置）
独立行政法人国立健康・栄養研究所（以下この条において「国立健康・栄養研究所」という。）の解散前に核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律（昭和三十二年法律第百六十六号）の規定により国立健康・栄養研究所に対しされた許可、認可その他の処分又は通知その他の行為であって、独立行政法人医薬基盤研究所法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第三十八号）附則第二条第一項の規定により研究所が承継することとなる権利及び義務に係るものは、国立健康・栄養研究所の解散後は、核原料物質、核燃料物質及び原子炉の規制に関する法律の規定により研究所に対しされた許可、認可その他の処分又は通知その他の行為とみなす。
第十五条
（法附則第二十条第六項の規定による納付金の納付の手続等）
研究所は、法附則第二十条第六項の規定による命令を受けたときは、厚生労働大臣の指定する期日までに、同条第一項に規定する革新的医薬品等実用化支援基金の額のうち研究所が革新的医薬品等実用化支援基金に係る業務を円滑に遂行する上で必要がないと認められるものに相当する額として厚生労働大臣が定める額を、同条第六項の規定による納付金として国庫に納付しなければならない。
２ 厚生労働大臣は、前項の規定により法附則第二十条第六項の規定による納付金の額を定めるときは、あらかじめ、財務大臣に協議しなければならない。
３ 法附則第二十条第六項の規定による納付金は、一般会計に帰属する。
第十六条
（法附則第二十条第八項の規定による納付金の納付の手続等）
研究所は、法附則第二十条第八項に規定する残余があるときは、同項の規定による納付金の計算書に、令和十七年四月一日に始まる事業年度の事業年度末の貸借対照表、当該事業年度の損益計算書その他の当該納付金の計算の基礎を明らかにした書類を添付して、令和十八年六月三十日までに、これを厚生労働大臣に提出しなければならない。
２ 厚生労働大臣は、前項の規定による法附則第二十条第八項の規定による納付金の計算書及び添付書類の提出があったときは、遅滞なく、当該納付金の計算書及び添付書類の写しを財務大臣に送付するものとする。
３ 法附則第二十条第八項の規定による納付金は、令和十八年七月十日までに納付しなければならない。
４ 法附則第二十条第八項の規定による納付金は、一般会計に帰属する。
第十八条
（後発医薬品製造基盤整備基金に係る納付金についての準用）
附則第十五条の規定は、法附則第二十七条第六項の規定による納付金について準用する。
２ 附則第十六条の規定は、法附則第二十七条第八項の規定による納付金について準用する。
この場合において、附則第十六条第一項中「令和十七年四月一日」とあるのは「令和十二年四月一日」と、「令和十八年六月三十日」とあるのは「令和十三年六月三十日」と、同条第三項中「令和十八年七月十日」とあるのは「令和十三年七月十日」と読み替えるものとする。
