第二条
（各大学共同利用機関法人に引き継がれる職員が属する旧大学共同利用機関）
法附則別表の大学共同利用機関法人人間文化研究機構の研究分野に関する研究を行う機関として政令で定めるものは、国文学研究資料館、国際日本文化研究センター、総合地球環境学研究所、国立民族学博物館及び国立歴史民俗博物館とする。
２ 法附則別表の大学共同利用機関法人自然科学研究機構の研究分野に関する研究を行う機関として政令で定めるものは、国立天文台、核融合科学研究所及び岡崎国立共同研究機構とする。
３ 法附則別表の大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構の研究分野に関する研究を行う機関として政令で定めるものは、高エネルギー加速器研究機構とする。
４ 法附則別表の大学共同利用機関法人情報・システム研究機構の研究分野に関する研究を行う機関として政令で定めるものは、国立極地研究所、国立遺伝学研究所、統計数理研究所及び国立情報学研究所とする。
第五条
（権利及び義務の承継の際出資があったものとされる財産等）
法附則第九条第二項の政令で定める財産は、次に掲げるものとする。
二前号に掲げるもののほか、文部科学大臣が指定するもの
２ 法附則第九条第二項の政令で定める負債は、整備法第二条の規定による廃止前の国立学校特別会計法（昭和三十九年法律第五十五号）附則第二十一項の規定により旧特別会計から産業投資特別会計社会資本整備勘定に繰り入れるものとされた繰入金に係る負債とする。
第九条
（独立行政法人国立大学財務・経営センターに対して負担する債務の償還等）
法附則第十二条第一項の規定による債務の負担及び同条第三項の規定による債務の保証に関し必要な事項は、文部科学大臣が財務大臣に協議して定める。
第十三条
（国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律に関する経過措置）
法附則第十九条の規定により国立大学法人等を国の利害に関係のある訴訟についての法務大臣の権限等に関する法律に規定する国又は行政庁とみなして同法の規定を適用する場合には、同法第二条第一項中「前条の訴訟」とあるのは「国立大学法人等を当事者又は参加人とする訴訟」と、同条第二項中「行政庁（国に所属するものに限る。第五条、第六条及び第八条において同じ。）の所管し、又は監督する事務に係る前条の訴訟」とあるのは「前項の訴訟」と、「当該行政庁」とあるのは「当該国立大学法人等」と、同法第五条第一項及び第三項並びに第六条中「行政庁」とあるのは「国立大学法人等」と、同法第八条本文中「第二条、第五条第一項、第六条第二項、第六条の二第四項若しくは第五項、第六条の三第四項若しくは第五項又は前条第三項」とあるのは「第二条第一項若しくは第二項、第五条第一項又は第六条第二項」と、「行政庁」とあるのは「国立大学法人等」とする。
第十六条
（独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律の適用に関する経過措置）
国立大学法人等の成立前に行政機関の保有する情報の公開に関する法律（平成十一年法律第四十二号。同法第二条第二項に規定する行政文書の開示に係る部分に限る。）の規定に基づき旧機関（国立久里浜養護学校（整備法による廃止前の国立学校設置法（昭和二十四年法律第百五十号）第九条に規定する国立久里浜養護学校をいう。次項において同じ。）を除く。以下この項において同じ。）の長（行政機関の保有する情報の公開に関する法律第十七条の規定により委任を受けた職員を含む。以下この項において同じ。）がした行為及び旧機関の長に対してされた行為は、国立大学法人等の成立後は、独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律（平成十三年法律第百四十号。同法第二条第二項に規定する法人文書の開示に係る部分に限る。）の規定に基づき各国立大学法人等がした行為及び各国立大学法人等に対してされた行為とみなす。
２ 国立大学法人等の成立前に行政機関の保有する情報の公開に関する法律（同法第二条第二項に規定する行政文書の開示に係る部分に限る。）の規定に基づき国立久里浜養護学校の業務に係る行政文書に関して文部科学大臣（同法第十七条の規定により委任を受けた職員を含む。以下この項において同じ。）がした行為及び文部科学大臣に対してされた行為は、国立大学法人等の成立後は、独立行政法人等の保有する情報の公開に関する法律（同法第二条第二項に規定する法人文書の開示に係る部分に限る。）の規定に基づき国立大学法人筑波大学がした行為及び国立大学法人筑波大学に対してされた行為とみなす。
