法第九十九条の三第一項の許可（以下単に「許可」という。）を受けようとする者（以下「申請者」という。）は、申請者の能力が第四条第一項各号の基準に適合することについて、あらかじめ、国土交通大臣の証明を受けるものとする。
ただし、次条第三項第一号の国土交通大臣が告示で定める書面を有する者については、この限りでない。
２ 前項の証明を受けようとする者は、国土交通大臣に対し、次に掲げる事項を記載した申請書（第四条第一項第一号の基準に適合することについての証明を受けようとする場合にあっては第一号様式、同項第二号の基準に適合することについての証明を受けようとする場合にあっては第二号様式）を、機構に対し、その写しを提出しなければならない。
一申請に係る業務管理システム（特定改造等に係る業務に関し、特定改造等を実施する者が自らの組織の管理監督を行うための仕組みをいう。以下同じ。）の名称
二法第九十九条の三第一項各号に掲げる行為のいずれを行うかの別（同項各号に掲げる行為のいずれも行う場合は、その旨）（以下「特定改造等の種類」という。）
３ 前項の申請書及びその写しには、次に掲げる書面を添付しなければならない。
二申請者の能力が第四条第一項第一号又は第二号の基準に適合することを証する書面
４ 国土交通大臣又は機構は、前二項に規定するもののほか、申請者に対し、第一項の証明に関し必要があると認めるときは、必要な書面の提出を求めることができる。
５ 国土交通大臣は、第一項の証明をしたときは、次の各号に掲げる基準に適合する申請者に対し、当該各号に定める証明書（以下「能力基準適合証明書」という。）を交付するものとする。
一第四条第一項第一号に掲げる基準 サイバーセキュリティ（サイバーセキュリティ基本法（平成二十六年法律第百四号）第二条に規定するサイバーセキュリティをいう。以下同じ。）の確保に関して特定改造等を適確に実施するに足りる能力を有する者であることを証する証明書（第三号様式）
二第四条第一項第二号に掲げる基準 プログラム等の適切な管理及び確実な改変に関して特定改造等を適確に実施するに足りる能力を有する者であることを証する証明書（第四号様式）
７ 前項の有効期間の起算日は、能力基準適合証明書を交付する日とする。
ただし、能力基準適合証明書の有効期間が満了する日の三月前から当該期間が満了する日までの間に第一項の証明を行い、当該証明書の有効期間を更新する場合は、当該証明書の有効期間が満了する日の翌日とする。
８ 第五項の規定により有効な能力基準適合証明書の交付を受けている者は、第三項第二号の書面の記載事項の一部に変更を加えようとするときは、第六項の規定にかかわらず、あらかじめ、その変更について第一項の証明を受けなければならないものとし、同項の証明を受けなかったときは、当該証明書は、当該変更時にその効力を失う。
９ 前項の規定により証明を受ける場合にあっては、新たに交付する能力基準適合証明書の有効期間は、従前の能力基準適合証明書の有効期間の残存期間とする。
