海上物流の基盤強化のための港湾法等の一部を改正する法律の一部の施行に伴う関係政令の整備等に関する政令（以下「整備政令」という。）附則第二条第二項の申請をしようとする者は、第一号様式による申請書に写真（単独、上半身、脱帽、正面で申請前六箇月以内に撮影した名刺形台紙なしのもので、その裏面に撮影年月日及び氏名を記載したもの）二葉及び水先免状を添えて、主たる事務所の所在地を管轄する地方運輸局長（運輸監理部長を含む。以下同じ。）を経由して国土交通大臣に提出しなければならない。
２ 水先人の免許に係る水先区について、整備政令附則第二条第一項に規定する旧水先区（以下単に「旧水先区」という。）とされる者が、同条第二項の規定により、その免許に係る水先区を当該旧水先区の区域を包含する同条第一項に規定する新水先区（以下単に「新水先区」という。）としたときは、国土交通大臣は、水先人名簿の登録事項を変更し、水先免状を交付する。
３ 第一項の規定による写真は、水先人名簿及び前項の規定により交付する水先免状に各一葉をはるものとする。