日本学術会議の運営においては、事務局長を事務総長と称する。
２ 事務局長は、会長及び副会長の職務を助け、日本学術会議の運営に参画し、事務局の事務を統理する。
３ 事務局長は、会長及び副会長共に事故のあるとき又は共に欠けたときは、臨時に会長の職務を行う。
４ 事務局長は、総会及び幹事会において議長を補佐し、必要な場合には意見を述べることができる。
５ 事務局長は、部会、連合部会及び委員会に出席し意見を述べることができる。
日本学術会議事務局組織規則
第一条
（事務局長）
第二条
（次長）
事務局に、次長一人を置く。
２ 次長は、事務局長を助け、事務局の所掌事務に係る重要事項に関する事務を総括整理する。
第三条
（課及び参事官の設置）
事務局に、企画課、管理課及び参事官三人を置く。
第四条
（企画課の所掌事務）
企画課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
事務局の所掌事務に関する総合調整に関すること。
二
事務局の機構に関すること。
三
法令案その他公文書類の審査及び進達に関すること。
四
日本学術会議の保有する情報の公開に関すること。
五
日本学術会議の保有する個人情報の保護に関すること。
六
政府からの諮問及び政府への答申並びに勧告及び提言事項に関すること。
七
政府に対し資料の提出、意見の開陳又は説明を求める事項に関すること。
八
総会及び幹事会に関すること。
九
科学に関する重要事項の調査及び企画に関すること。
十
広報に関すること。
十一
総合科学技術・イノベーション会議及び関係機関並びに学術研究団体等との連絡調整に関すること。
十二
日本学術会議会員、日本学術会議連携会員及び委員会委員の選考に関すること。
十三
第六号、第七号、第十号及び前号に規定する事務に係る委員会に関すること。
十四
学術関係資料及び情報の収集、交換、整理及び利用に関すること。
十五
国立国会図書館支部日本学術会議図書館に関すること。
十六
職員の人事に関すること。
十七
前各号に掲げるもののほか、事務局の所掌事務で他に属しないものに関すること。
第五条
（管理課の所掌事務）
管理課は、次に掲げる事務をつかさどる。
一
機密に関すること。
二
官印及び公印に関すること。
三
公文書類の接受、発送、編集及び保存に関すること。
四
日本学術会議会員、日本学術会議連携会員及び委員会委員の人事に関すること（前条第十二号に掲げる事務を除く。）。
五
職員の福利厚生に関すること。
六
日本学術会議の所掌に係る経費及び収入の予算、決算及び会計並びに会計の監査に関すること。
七
物品の管理、営繕及び契約に関すること。
八
庁内の管理に関すること。
九
第六号に規定する事務に係る委員会に関すること。
第六条
（参事官の職務）
参事官は、命を受けて、次に掲げる事務を分掌する。
一
科学に関する重要事項の審議に関すること。
二
部会、連合部会及び委員会に関すること（企画課及び管理課の所掌に係るものを除く。）。
三
国際会議の開催、国際学術交流等国際業務に関すること。
四
前三号に掲げるもののほか、特に命ぜられた事項に関すること。
附 則
第一条
（施行期日）
この規則は、平成十七年七月一日から施行する。
第二条
（日本学術会議法の一部を改正する法律の施行の日までの経過措置）
日本学術会議法の一部を改正する法律（平成十六年法律第二十九号）の施行の日（以下「法施行日」という。）までの間において、第一条第四項及び第四条第八号中「幹事会」とあるのは、「運営審議会」と、第四条第十二号及び第五条第四号中「日本学術会議連携会員」とあるのは、「研究連絡委員会の委員」と読み替えるものとする。
第三条
前条に定めるもののほか、法施行日までの間において、この規則の施行に関し必要な経過措置は、会長が定める。
附 則
この規則は、公布の日から施行する。