この政令において「製造たばこ」又は「保税地域」とは、それぞれ一般会計における債務の承継等に伴い必要な財源の確保に係る特別措置に関する法律（以下「法」という。）第三条に規定する製造たばこ又は保税地域をいう。
たばこ特別税に関する政令
第一条
（定義）
第二条
（控除又は還付を受けようとするたばこ特別税額に関する書類）
法第十一条第三項において準用するたばこ税法第十六条第六項に規定する政令で定める書類は、たばこ税法施行令（昭和六十年政令第五号）第十条第三項に規定する書類で、同項第二号に掲げるたばこ税額に当該製造たばこに係るたばこ特別税額を合わせて記載したものとする。
第三条
（担保の提供）
法第十三条第一項又は第二項の規定の適用がある場合において、たばこ税法第二十二条第一項、第二項若しくは第四項の規定により担保を提供する者又は同条第三項後段若しくは同法第二十三条第一項の規定により提供を命ぜられた担保を提供する者は、その提供する各担保物又は保証人の保証において、たばこ税額の八百九十二分の百八に相当するたばこ特別税額をあわせて担保しなければならない。
２ たばこ税法第十一条第二項の規定の適用を受ける製造たばこに係る前項の規定の適用については、同項中「八百九十二分の百八」とあるのは、「九百四十六分の五十四」とする。
３ たばこ特別税に係る担保は、たばこ税に係る担保を提供すべき国税庁長官、国税局長、税務署長又は税関長に対してあわせて提供しなければならない。
第四条
（担保についての国税通則法等の適用の特例）
たばこ特別税及びたばこ税に係る担保については、国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）及び国税通則法施行令（昭和三十七年政令第百三十五号）の規定による担保の提供、変更、処分その他の手続は、あわせて行わなければならない。
第五条
（たばこ特別税に係るたばこ税法施行令等の適用の特例）
たばこ特別税に係る次の表の第一欄に掲げる政令の適用については、同表の第二欄に掲げる規定中同表の第三欄に掲げる字句は、それぞれ同表の第四欄に掲げる字句とする。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成十年十二月一日から施行する。
第二条
（手持品課税に係る申告等）
法附則第三条第二項に規定する申告書には、同項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
申告者の住所及び氏名又は名称
二
貯蔵場所（法第十九条第二項に規定する小売販売業者にあっては、たばこ事業法（昭和五十九年法律第六十八号）第二十二条第一項に規定する営業所。以下この条において同じ。）の所在地及び名称
２ たばこ税法施行令第十一条第二項から第四項までの規定は、前項の申告書を提出する義務がある者が当該申告書の提出期限前に当該申告書を提出しないで死亡した場合について準用する。
この場合において、同条第二項第三号中「たばこ税額」とあるのは、「たばこ特別税額」と読み替えるものとする。
この場合において、同条第二項第三号中「たばこ税額」とあるのは、「たばこ特別税額」と読み替えるものとする。
３ 法附則第三条第五項の承認を受けようとする者は、製造たばこを保税地域に入れたときは、当該保税地域の所在地を所轄する税関長にその旨を届け出るとともに、当該製造たばこの区分（同条第二項第一号に規定する製造たばこの区分をいう。以下同じ。）及び区分ごとの数量、その置かれている保税地域の所在地及び名称並びに廃棄の日時、方法及び理由を記載した申請書を当該税関長に提出し、同条第五項の承認を受けて廃棄しなければならない。
４ 前項の申請書の提出を受けた税関長は、法附則第三条第五項の承認をしたときは、立会いその他の方法により当該廃棄の事実を確認するものとする。
５ 法附則第三条第五項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ特別税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で同条第二項の税務署長から交付を受けたもの（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同条第一項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたもの）を添付し、これを同条第五項の税関長に提出しなければならない。
一
申請者の住所及び氏名又は名称
二
当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量
三
当該製造たばこにつき法附則第三条第一項の規定の適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称（当該製造たばこにつき当該確認を受けようとする者と同項の規定の適用を受けた者が異なる場合にあっては、同項の規定の適用を受けた者の住所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称）
四
当該製造たばこの輸出又は廃棄に係る販売場の所在地及び名称
五
その他参考となるべき事項
６ 前項の申請書の提出を受けた税関長は、法附則第三条第五項の確認をしたときは、当該確認の内容を記載した書類により、その旨を当該申請書を提出した者に通知しなければならない。
７ 法附則第三条第六項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該製造たばこが同条第一項の規定によるたばこ特別税を課された、又は課されるべきものであることを証明した書類で当該製造たばこにつき同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第二項の税務署長から交付を受けたものを添付し、これを同条第六項の税務署長に提出しなければならない。
一
申請者の住所及び氏名又は名称
二
当該製造場の所在地及び名称
三
当該製造たばこを当該製造場に戻し又は移送した者の住所及び氏名又は名称
四
当該製造たばこの区分及び区分ごとの数量
五
当該製造たばこにつき法附則第三条第一項の規定の適用を受けた者の住所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該製造たばこの貯蔵場所の所在地及び名称
六
その他参考となるべき事項
８ 第六項の規定は、前項の場合について準用する。
９ 法附則第三条第六項第一号に規定する政令で定めるものは、同項に規定する製造たばこ製造者がその製造場から移出した製造たばこのうち同条第一項の規定によりたばこ特別税を課された、又は課されるべきものでたばこ税法施行令第九条第一項各号に掲げる製造たばこに該当するものとする。
第三条
（災害があった場合のたばこ税の控除等に関する経過措置）
この政令の施行の日（以下「施行日」という。）前に製造たばこの製造場から移出された製造たばこ（法附則第三条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）につき、災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律（昭和二十二年法律第百七十五号。以下「災害被害者租税減免法」という。）第七条第一項の規定の適用がある場合において、同項の規定による控除を受けようとする月分が平成十年十二月分以後の月分であるときは、当該控除を受けようとする月分については、たばこ税法第十七条第一項の規定による申告書の提出を要しない月とみなして、災害被害者租税減免法第七条第四項及び災害被害者に対する租税の減免、徴収猶予等に関する法律の施行に関する政令（以下「災害被害者租税減免法施行令」という。）第十三条第二項の規定を適用する。
この場合において、たばこ税法第十七条第一項の規定の適用については、同項第五号中「たばこ税額（」とあるのは、「たばこ税額（たばこ特別税に関する政令附則第三条第一項の規定による還付を受けようとするたばこ税額を除くものとし、」とする。
この場合において、たばこ税法第十七条第一項の規定の適用については、同項第五号中「たばこ税額（」とあるのは、「たばこ税額（たばこ特別税に関する政令附則第三条第一項の規定による還付を受けようとするたばこ税額を除くものとし、」とする。
２ 施行日前に保税地域から引き取られた製造たばこ（法附則第三条第一項の規定の適用を受けるものを除く。）につき、災害被害者租税減免法第七条第一項の規定の適用がある場合において、同項の規定による控除を受けようとするときは、災害被害者租税減免法施行令第十三条第一項第二号の申告書の提出がないものとみなして、災害被害者租税減免法第七条第四項及び災害被害者租税減免法施行令第十三条第三項の規定を適用する。
この場合において、たばこ税法第十八条第一項の規定の適用については、同項第三号中「たばこ税額」とあるのは、「たばこ税額（たばこ特別税に関する政令附則第三条第二項の規定による還付を受けようとするたばこ税額を除く。）」とする。
この場合において、たばこ税法第十八条第一項の規定の適用については、同項第三号中「たばこ税額」とあるのは、「たばこ税額（たばこ特別税に関する政令附則第三条第二項の規定による還付を受けようとするたばこ税額を除く。）」とする。
附 則
この政令は、電子情報処理組織による税関手続の特例等に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第十四号）の施行の日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成十一年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一から五まで
略
六
第四十五条の二第一項、第二項及び第四項の改正規定並びに第四十五条の三第一項の改正規定並びに附則第二十五条（附則第十四項、第十六項及び第十七項の改正規定に限る。）、第二十七条及び第三十八条の規定 平成十一年五月一日
附 則
この政令は、関税定率法等の一部を改正する法律の一部の施行の日（平成十三年三月一日）から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成十五年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一及び二
略
三
附則第三十九条及び第四十条の規定並びに附則第四十二条中国税収納金整理資金に関する法律施行令（昭和二十九年政令第五十一号）附則第十四項、第十六項及び第十七項の改正規定 平成十五年七月一日
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成十八年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一及び二
略
三
附則第四十八条、第五十三条及び第五十六条の規定 平成十八年七月一日
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成二十年十月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成二十一年四月一日から施行する。
附 則
この政令は、平成二十二年十月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成二十七年七月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成二十九年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
一及び二
略
三
目次の改正規定、第一条の改正規定、第五条第六号の改正規定（同号ハに係る部分を除く。）、第十一条の改正規定及び本則に一章を加える改正規定並びに附則第三条から第十五条までの規定 平成三十年四月一日
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成三十年十月一日から施行する。
第八条
（たばこ特別税に関する政令の一部改正に伴う経過措置）
平成三十年十月一日から令和三年九月三十日までの間における前条の規定による改正後のたばこ特別税に関する政令（以下この条において「新令」という。）の規定の適用については、次の表の第一欄に掲げる期間の区分に応じ、同表の第二欄に掲げる新令の規定中同表の第三欄に掲げる字句は、それぞれ同表の第四欄に掲げる字句とする。
２ 前項の規定にかかわらず、平成三十年十月一日から令和元年九月三十日までの間における所得税法等の一部を改正する法律（平成二十七年法律第九号）附則第四十九条に規定する紙巻たばこ三級品（附則第十条第二項において「紙巻たばこ三級品」という。）に対する新令第三条第一項の規定の適用については、同項中「八百九十二分の百八」とあるのは、「八百六十六分の百三十四」とする。
附 則
この政令は、令和二年四月一日から施行する。
附 則
この政令は、令和六年十月一日から施行する。