第七条
（権利及び義務の承継に伴う承継法人等に対する法人税法等の適用に関する経過措置等）
承継法人が、清算事業団法附則第九条第一項若しくは第二項第一号又は第十一条第一項に規定する鉄道施設と当該承継法人の鉄道施設とを接続するための工事で運輸大臣が定めるものの支出に充てるため、日本鉄道建設公団又は本州四国連絡橋公団から交付を受けた負担金については、当該負担金を法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第四十二条第一項に規定する国庫補助金等とみなして同法第四十二条から第四十四条までの規定を適用する。
２ 承継法人（施行法第二十一条第二項の承認を受けた計画に従い当該経営の分離に係る一般自動車運送事業に相当する一般旅客自動車運送事業（以下「一般旅客自動車運送事業」という。）を経営する株式会社を含む。）が次の表の上欄に掲げる法律の規定により同表の中欄に掲げる者から無償で貸付けを受けている土地に存する当該承継法人の事業の用に供していた固定資産と同欄に掲げる者の有する固定資産との交換が同表の下欄に掲げる法律の規定により行われた場合には、当該承継法人がその交換により取得した固定資産は、法人税法第四十二条第二項に規定する固定資産とみなして同条の規定を適用する。
この場合において、同項中「その固定資産の価額」とあるのは、「その固定資産の価額から交換により譲渡した固定資産の当該交換の時における帳簿価額を控除した残額」とする。
３ 承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した固定資産については、法人税法第五十条第一項中「各事業年度において、一年以上有していた固定資産」とあるのは、「各事業年度において、一年以上有していた固定資産（日本国有鉄道が有していた期間（日本国有鉄道が日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第二十四条第一項又は第三項の規定により日本鉄道建設公団から承継したものにあつては、日本鉄道建設公団が有していた期間を含む。）と同法第十一条第二項に規定する承継法人が有していた期間とを合計した期間が一年以上であるものを含む。以下この項において同じ。）」として同条の規定を適用する。
４ 承継法人が改革法第二十一条に規定する承継計画において定めるところに従い承継の日（改革法第二十二条の規定により当該承継法人が日本国有鉄道の権利及び義務を承継した日をいう。以下この条において同じ。）において有する退職給与引当金勘定の金額については、当該金額のうち、承継の日の前日の属する日本国有鉄道の事業年度を当該承継法人の事業年度とみなし、当該事業年度終了の時において在職する日本国有鉄道の使用人のうち改革法第二十三条第三項の規定により当該承継法人が採用する者につきその全員が自己の都合により当該事業年度終了の時において退職するものと仮定して施行法第五十一条の規定による改正前の国家公務員等退職手当法（昭和二十八年法律第百八十二号）の規定により計算される退職給与の額の合計額の百分の四十に相当する金額に達するまでの金額は、法人税法第五十五条第一項の規定の適用を受けた金額とみなして同条の規定を適用する。
５ 承継法人に対する法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第二十二条第三項の規定の適用については、同項中「内国法人（昭和五十五年四月一日に存するもの（同日後に合併をした内国法人については、当該合併に係る合併法人及び被合併法人のすべてが同日に存していたもの）に限る。）」とあるのは「日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人（当該承継法人が昭和六十二年四月一日以後に合併をした場合には、当該合併に係る被合併法人のすべてが同日に存していた場合に限る。）」と、「当該事業年度」とあるのは「当該事業年度（平成元年四月一日以後に開始する事業年度に限る。）」と、「同日から昭和五十七年三月三十一日まで」とあるのは「昭和六十二年四月一日から平成元年三月三十一日まで」と、「当該合併をした内国法人については、当該各事業年度において当該合併に係る合併法人及び被合併法人が」とあるのは「当該承継法人が当該合併をした場合には、当該各事業年度において当該承継法人及び当該合併に係る被合併法人が」とする。
６ 承継法人に対する改革法第二十一条の規定により引き継いだ事業の用に供する減価償却資産に係る法人税法施行令第四十九条第四項の規定の適用については、同項中「前日」とあるのは、「前日（日本国有鉄道改革法第二十二条の規定により日本国有鉄道の権利及び義務を承継した日の属する事業年度については、昭和六十二年九月三十日）」とする。
７ 承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した減価償却資産の取得価額は、法人税法施行令第五十四条第一項の規定にかかわらず、当該減価償却資産の取得に要した費用の額（改革法第二十条第一項に規定する評価審査会が同項の規定により決定した価格を基礎として運輸大臣が定めるところにより計算した金額をいう。）として当該承継法人が承継の日において経理した金額とする。
８ 承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した有価証券に係る法人税法施行令第百四十条の二第一項第一号に規定する利子配当等については、同条第二項中「その内国法人が元本」とあるのは「日本国有鉄道改革法第十一条第二項に規定する承継法人（以下この条において「承継法人」という。）及び日本国有鉄道が元本」と、「その内国法人がその」とあるのは「当該承継法人及び日本国有鉄道がその」と、同条第三項第一号中「その内国法人」とあるのは「当該承継法人」と、同項第二号中「その内国法人」とあるのは「当該承継法人又は日本国有鉄道」として同条の規定を適用する。
９ 承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した租税特別措置法第六十三条第一項第一号に規定する土地等については、同条第二項（同法第六十三条の二第二項の規定により読み替えられた場合を含む。）中「当該法人がその取得をした日から引き続き所有していた土地等」とあるのは「日本国有鉄道がその取得をし、その取得をした日から日本国有鉄道及び日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人（以下この項及び第六十五条の七第一項において「承継法人」という。）が引き続き所有していた土地等（日本国有鉄道が同法第二十四条第一項又は第三項の規定により日本鉄道建設公団から承継した土地等で日本鉄道建設公団がその取得をし、その取得をした日から日本鉄道建設公団、日本国有鉄道及び承継法人が引き続き所有していたものを含む。）」と、「（その取得」とあるのは「（日本国有鉄道（当該承継した土地等については、日本鉄道建設公団）がその取得」として同法第六十三条及び第六十三条の二の規定を適用する。
１０ 承継法人が改革法第二十二条の規定により承継した租税特別措置法第六十五条の七第一項の表の第十五号の上欄に規定する土地等、建物又は構築物については、同欄中「当該法人により取得（建設を含む。以下この号において同じ。）をされた日から引き続き所有されていたこれらの資産」とあるのは「日本国有鉄道により取得（建設を含む。以下この号において同じ。）をされた日から日本国有鉄道及び承継法人により引き続き所有されていたこれらの資産（日本国有鉄道が日本国有鉄道改革法第二十四条第一項又は第三項の規定により日本鉄道建設公団から承継したこれらの資産で日本鉄道建設公団により取得をされた日から日本鉄道建設公団、日本国有鉄道及び承継法人により引き続き所有されていたものを含む。）」と、「その取得」とあるのは「日本国有鉄道（当該承継したこれらの資産については、日本鉄道建設公団）によるその取得」として同条の規定を適用する。
１１ 施行法第二十一条第二項の承認を受けた計画に従い一般旅客自動車運送事業を経営する株式会社が旅客会社が行う出資（当該株式会社を設立するための出資に限る。）により受け入れた租税特別措置法第六十三条第一項第一号に規定する土地等及び同法第六十五条の七第一項の表の第十五号の上欄に規定する土地等、建物又は構築物（当該旅客会社が改革法第二十二条の規定により承継し、かつ、当該出資を行うまで引き続き所有していたものに限る。）については、租税特別措置法施行令（昭和三十二年政令第四十三号）第三十八条の四第二十五項第三号（同令第三十八条の五第十一項において準用する場合を含む。）及び第三十九条の七第十四項第三号中「当該特定出資をした法人が当該」とあるのは、「日本国有鉄道が当該」としてこれらの規定を適用する。
１２ 承継法人に対する法人税法施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百五号）附則第九条第四項の規定の適用については、同項中「昭和五十五年四月一日に存する法人（当該法人が平成十三年四月一日以後に行われる適格合併（平成十三年改正法第一条の規定による改正後の法人税法（以下「平成十三年新法」という。）第二条第十二号の八（定義）に規定する適格合併をいう。以下同じ。）に係る合併法人である場合には、当該法人及び当該適格合併に係る被合併法人のすべてが昭和五十五年四月一日に存していたもの（当該適格合併が法人を設立する合併である場合にあつては、当該適格合併に係る被合併法人のすべてが同日に存していたもの）に限る。）」とあるのは「日本国有鉄道改革法（昭和六十一年法律第八十七号）第十一条第二項に規定する承継法人（当該承継法人が平成十三年四月一日以後に適格合併（平成十三年改正法第一条の規定による改正後の法人税法第二条第十二号の八（定義）に規定する適格合併をいう。以下同じ。）をした場合には、当該適格合併に係る被合併法人のすべてが昭和六十二年四月一日に存していた場合に限る。）」と、同項第二号中「当該事業年度終了の時」とあるのは「当該事業年度（平成元年四月一日以後に開始する事業年度に限る。）終了の時」と、「昭和五十五年四月一日から昭和五十七年三月三十一日まで」とあるのは「昭和六十二年四月一日から平成元年三月三十一日まで」と、「平成十三年四月一日以後に行われる適格合併に係る合併法人については、当該各事業年度終了の時において当該合併法人及び当該適格合併に係る被合併法人」とあるのは「当該承継法人が平成十三年四月一日以後に適格合併をした場合には、当該各事業年度終了の時において当該承継法人及び当該適格合併に係る被合併法人」とする。
