瀬戸内海環境保全特別措置法（以下「法」という。）第二条第一項の政令で定める海面は、次に掲げる海面とする。
一
法第二条第一項第二号に掲げる直線、愛媛県高茂埼から大分県鶴御埼に至る直線及び陸岸によつて囲まれた海面
二
法第二条第一項第三号に掲げる直線、山口県特牛灯台から同県角島通瀬埼に至る直線、同埼から福岡県妙見埼に至る直線及び陸岸によつて囲まれた海面
瀬戸内海環境保全特別措置法施行令
第一条
（政令で定める海面）
第二条
（政令で定める府県）
法第二条第二項の政令で定める府県は、京都府及び奈良県とする。
第三条
（関係府県の区域から除外する区域）
法第五条第一項の政令で定める区域は、別表第一に掲げる区域とする。
第四条
（設置の許可を要しない施設）
法第五条第一項の政令で定める施設は、次に掲げる施設とする。
一
下水道終末処理施設
二
地方公共団体が設置するし尿処理施設
三
地方公共団体（港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二章第一節の規定により設立された港務局を含む。）が設置する廃油処理施設及び廃油処理事業（海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三条第十五号に規定する廃油処理事業をいう。）の用に供する廃油処理施設
第五条
（指定物質）
法第十二条の三第一項の政令で定める物質は、窒素及びその化合物並びに燐りん及びその化合物とする。
第六条
（指定物質削減指導方針の作成の指示）
環境大臣は、法第十二条の三第一項の規定による指示をしようとするときは、法第五条第一項に規定する区域において公共用水域に排出される指定物質の総量の増加を防止することを当面の目途として、人口及び産業の動向その他の自然的、社会的条件を基礎とし、指定物質の削減に関し採られた措置を考慮して、目標年度において公共用水域に排出されると見込まれる指定物質の量につき、目標年度において見込まれる汚水又は廃液の処理の技術の水準、下水道の整備の見通し等を勘案し、実施可能な削減の目標を定めなければならない。
第七条
（指定物質排出者）
法第十二条の五第一項の政令で定める者は、排出水を排出する者及び排出水を排出する者以外の者で別表第二に掲げる施設を設置するものとする。
第八条
（政令で定める市の長による事務の処理）
法に規定する府県知事の権限に属する事務のうち次に掲げるものは、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十二条の十九第一項の指定都市の長及び同法第二百五十二条の二十二第一項の中核市の長（以下この条において「指定都市の長等」という。）が行うこととする。
この場合においては、法中前段に規定する事務に係る府県知事に関する規定は、指定都市の長等に関する規定として指定都市の長等に適用があるものとする。
この場合においては、法中前段に規定する事務に係る府県知事に関する規定は、指定都市の長等に関する規定として指定都市の長等に適用があるものとする。
一
法第五条第一項及び第八条第一項の規定による許可に関する事務
二
法第七条第二項、第八条第四項、第九条、第十条第三項及び附則第二条第五項の規定による届出の受理に関する事務
三
法第十一条の規定による命令に関する事務
四
法第十二条の四の規定による指導、助言及び勧告に関する事務
五
法第十二条の五第一項の規定による報告の徴収に関する事務
附 則
この政令は、法の施行の日（昭和四十八年十一月二日）から施行する。
附 則
この政令は、昭和五十一年九月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、瀬戸内海環境保全臨時措置法及び水質汚濁防止法の一部を改正する法律の施行の日（昭和五十四年六月十二日）から施行する。
ただし、第二条中水質汚濁防止法施行令別表第一及び別表第二の改正規定は、昭和五十四年五月十日から施行する。
ただし、第二条中水質汚濁防止法施行令別表第一及び別表第二の改正規定は、昭和五十四年五月十日から施行する。
第二条
（経過措置）
第一条の規定による瀬戸内海環境保全臨時措置法施行令の改正により瀬戸内海環境保全特別措置法（以下「特別措置法」という。）第五条第一項に規定する区域となる区域（以下「甲区域」という。）において、この政令の施行前に、特定施設（同項に規定する特定施設をいう。以下この条において同じ。）の設置につき水質汚濁防止法第五条又は第六条の規定による届出をした者でこの政令の施行の際現に同法第九条の規定による実施の制限を受けていないものは、当該特定施設について特別措置法第五条第一項の許可を受けたものとみなす。
２ 甲区域において、この政令の施行の際現に特定施設につき水質汚濁防止法第九条の規定による実施の制限を受けている者については、当該制限を受けている間は、特別措置法第五条第一項、第八条第一項及び第十二条第一項の規定は、適用しない。
３ 前項に規定する者は、水質汚濁防止法第九条の規定による実施の制限を受けないこととなつたときは、当該特定施設について特別措置法第五条第一項又は第八条第一項の許可を受けたものとみなす。
４ 甲区域において、この政令の施行前に、鉱山保安法（昭和二十四年法律第七十号）第八条第一項に規定する建設物、工作物その他の施設である特定施設、電気事業法（昭和三十九年法律第百七十号）第二条第七項に規定する電気工作物である特定施設又は海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第三条第九号に規定する廃油処理施設である特定施設の設置につき、これらの法律の規定による許可若しくは認可を受けた者又はこれらの法律の規定による届出をして当該特定施設を設置した者（この政令の施行の際現に設置の工事をしている者を含む。）であつて、当該特定施設を設置する鉱山保安法第二条第二項本文に規定する鉱山又は工場若しくは事業場から排出水（水質汚濁防止法第二条第三項に規定する排出水をいう。次条において同じ。）を排出するものは、当該特定施設について特別措置法第五条第一項の許可を受けたものとみなす。
第三条
甲区域において、この政令の施行の際現に水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設を設置している者（設置の工事をしている者及び同法第五条の規定による届出をした者であつて設置の工事に着手していないものを含む。）であつて排出水を排出するものは、この政令の施行の日から六十日以内に、総理府令で定めるところにより、排出水の排水系統別の汚染状態及び量（前条第四項に規定する特定施設に係る場合にあつては、特別措置法第五条第二項各号に掲げる事項）を府県知事（瀬戸内海環境保全特別措置法施行令第八条に規定する市の区域内の特別措置法第五条第一項に規定する特定施設に係る場合にあつては当該市の長とし、水質汚濁防止法施行令第十条に規定する市の区域内の水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設（特別措置法第五条第一項に規定する特定施設を除く。）に係る場合にあつては当該市の長とする。）に届け出なければならない。
第四条
第一条の規定による瀬戸内海環境保全臨時措置法施行令の改正により特別措置法第五条第一項に規定する区域以外の区域となる区域（以下この条において「乙区域」という。）において、この政令の施行前に瀬戸内海環境保全臨時措置法（昭和四十八年法律第百十号）第五条第一項に規定する特定施設の設置につき同項の規定による許可を受けた者は、当該特定施設について水質汚濁防止法第五条の規定による届出をしたものとみなす。
２ 瀬戸内海環境保全臨時措置法及び水質汚濁防止法の一部を改正する法律附則第三条第一項の規定は、乙区域については適用しない。
第五条
この政令の施行前にした行為及び瀬戸内海環境保全臨時措置法第十一条若しくは水質汚濁防止法第八条の規定による命令又は同法第九条第一項の規定による実施の制限に関しこの政令の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附 則
この政令は、昭和五十五年四月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、廃棄物その他の物の投棄による海洋汚染の防止に関する条約が日本国について効力を生ずる日から施行する。
附 則
この政令は、昭和五十七年一月一日から施行する。
附 則
この政令は、医療法の一部を改正する法律の施行の日（昭和六十一年六月二十七日）から施行する。
附 則
この政令は、海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律の一部を改正する法律（昭和五十八年法律第五十八号）附則第一条第四号に定める日（昭和六十二年四月六日）から施行する。
附 則
この政令は、昭和六十三年十月一日から施行する。
附 則
この政令は、水質汚濁防止法等の一部を改正する法律の施行の日（平成二年九月二十二日）から施行する。
ただし、第一条中水質汚濁防止法施行令第三条の次に一条を加える改正規定並びに同令別表第一及び別表第四の改正規定並びに第二条中瀬戸内海環境保全特別措置法施行令第四条の次に一条を加える改正規定及び同令別表第二の改正規定は、平成三年四月一日から施行する。
ただし、第一条中水質汚濁防止法施行令第三条の次に一条を加える改正規定並びに同令別表第一及び別表第四の改正規定並びに第二条中瀬戸内海環境保全特別措置法施行令第四条の次に一条を加える改正規定及び同令別表第二の改正規定は、平成三年四月一日から施行する。
附 則
この政令は、公布の日から施行する。
附 則
この政令は、公布の日から施行する。
附 則
この政令は、平成八年四月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成十二年四月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、内閣法の一部を改正する法律（平成十一年法律第八十八号）の施行の日（平成十三年一月六日）から施行する。
附 則
この政令は、平成十三年十二月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、平成十九年一月一日から施行する。
附 則
この政令は、平成二十一年四月一日から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、地方自治法の一部を改正する法律（次条において「改正法」という。）の施行の日（平成二十八年四月一日）から施行する。
ただし、第一条中地方自治法施行令目次の改正規定、同令第二編第八章第三節の節名を削る改正規定及び同令第百七十四条の四十九の二十の改正規定、第十四条、第十七条、第十八条（指定都市、中核市又は特例市の指定があつた場合における必要な事項を定める政令第四条第一項の改正規定を除く。）、第二十一条から第二十五条まで、第二十七条、第二十九条、第三十二条、第三十三条、第三十六条及び第四十六条の規定並びに第四十七条中総務省組織令第四十七条の二第四号の改正規定並びに次条から附則第十五条までの規定は、平成二十七年四月一日から施行する。
ただし、第一条中地方自治法施行令目次の改正規定、同令第二編第八章第三節の節名を削る改正規定及び同令第百七十四条の四十九の二十の改正規定、第十四条、第十七条、第十八条（指定都市、中核市又は特例市の指定があつた場合における必要な事項を定める政令第四条第一項の改正規定を除く。）、第二十一条から第二十五条まで、第二十七条、第二十九条、第三十二条、第三十三条、第三十六条及び第四十六条の規定並びに第四十七条中総務省組織令第四十七条の二第四号の改正規定並びに次条から附則第十五条までの規定は、平成二十七年四月一日から施行する。
第十条
（瀬戸内海環境保全特別措置法施行令の一部改正に伴う経過措置）
施行時特例市については、第二十五条の規定による改正前の瀬戸内海環境保全特別措置法施行令第八条第一項の規定は、なおその効力を有する。
この場合において、同項中「地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十二条の二十六の三第一項の特例市」とあるのは「地方自治法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第四十二号）附則第二条に規定する施行時特例市」と、「「特例市」とあるのは「「施行時特例市」と、「特例市の長に」とあるのは「施行時特例市の長に」とする。
この場合において、同項中「地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十二条の二十六の三第一項の特例市」とあるのは「地方自治法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第四十二号）附則第二条に規定する施行時特例市」と、「「特例市」とあるのは「「施行時特例市」と、「特例市の長に」とあるのは「施行時特例市の長に」とする。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、改正法の施行の日（平成三十年十月二十二日）から施行する。
ただし、第一条、第四条から第六条まで、第八条及び第十四条並びに次条の規定は、改正法附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日（令和二年六月二十一日）から施行する。
ただし、第一条、第四条から第六条まで、第八条及び第十四条並びに次条の規定は、改正法附則第一条第三号に掲げる規定の施行の日（令和二年六月二十一日）から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、不正競争防止法等の一部を改正する法律の施行の日（令和元年七月一日）から施行する。
附 則
この政令は、道路運送車両法の一部を改正する法律の施行の日（令和二年四月一日）から施行する。
附 則
第一条
（施行期日）
この政令は、瀬戸内海環境保全特別措置法の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（令和四年四月一日）から施行する。
第四条
（経過措置）
施行日前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。